Если у кого-то еще возникла эта проблема, вы можете попробовать использовать weka.filters.unsupervised.attribute.AddCluster. Аргумент -W должен содержать ваш алгоритм кластеризации, и вы можете использовать -i и -o так же, как и любой другой фильтр, чтобы сохранить новый arff.