со смолой 3.1.6 и выше используйте
<server-default>
...
<jvm-classpath>/var/unity/conf/...</jvm-classpath>
...
</server-default>
(Я знаю, очень поздно к игре, я сам искал ответ на этот вопрос и нашел здесь этот пост, а также решение, поэтому подумал, что я добавлю обратно в коллектив).