Я не знаю о нативном, но я принимал участие в разработке продукта , где кто-то создал оболочку вокруг graphviz без особых проблем. Это работало с использованием API для рендеринга в файл и последующего отображения файла с помощью элемента управления просмотра изображений.
Если вы не можете найти то, что хотите, в нативной библиотеке .Net, я определенно видел, как люди получают хорошие результаты, оборачивая graphviz таким способом.