Создайте новый компонент, скажем, MyExternalPopup.xml
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Box>
<mx:ModuleLoader url="YourExternalSWFHere.swf"/>
</mx:Box>
и затем вы можете показать и отцентрировать всплывающее окно следующим образом:
var popup :IFlexDisplayObject = PopUpManager.createPopUp( Application.application, MyExternalPopup );
PopUpManager.centerPopUp( popup );
Надеюсь, это поможет вам.