Я сомневаюсь, что вы сможете заставить свой поддомен функционировать вне вашей папки public_html (хотя я не являюсь администратором сервера). Как правило, это требует изменений DNS или настройки конфигурации сервера. Вы пытались создать подкаталог и переписать вызовы на поддомен? Например, это помещено в .htaccess в вашем каталоге public_html:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain\.example\.com$
RewriteRule (.*) /subdomain/$1 [L]
Я не уверен, сработает ли это (никогда не нужно было проверять это самостоятельно), но это более вероятно, чем попытка нацелить файлы, которые находятся за пределами каталога, указанного веб-хостом, в качестве местоположения файлов вашего домена.
Удачи!