У нас была похожая проблема, но проблема заключалась в том, что при экспорте кода Java как исполняемого файла JAR из Eclipse мы выбирали опцию «Пакет необходимых библиотек в сгенерированный файл JAR». Это помещало все библиотеки, на которые есть ссылки, как файлы jar в исполняемый файл jar, который, вероятно, распаковывался при каждом запуске. Вместо этого мы использовали опцию «Извлечь необходимые библиотеки в сгенерированный jar» при создании запускаемого jar-файла и увеличенной скорости выполнения jar - почти такой же, как при запуске кода в eclipse.