Я так не думаю. Не потому, что у IzPak не было возможности сделать это (очевидно, он создает jar-файл установщика), а потому, что он не был предназначен для этого, AFAIK.
Если вы хотите упаковать различные jar-файлы в один jar-файл, вы должны решить эту проблему на этапе сборки вашего проекта. Если вы используете Netbeans, то эта ссылка будет полезна:
http://java.sun.com/developer/technicalArticles/java_warehouse/single_jar/
О выполнении скрипта Python ... Вы используете Jython? Если нет, учтите, что распространять программу на python довольно сложно, многие приложения, написанные на python, распространяют интерпретатор и необходимые им dll.