Kohana 3, по-видимому, имеет методы транзакций, хотя они, похоже, не документированы.См. эту ссылку
Транзакции выполняются на уровне базы данных, поэтому все, что вы делаете между началом и фиксацией, является частью транзакции, независимо от того, сколько таблиц задействовано.
Вы не говорите, какую БД вы используете, но в случае, если вы используете MySQL, обратите внимание, что таблицы MySQL MyISAM (наиболее распространенный тип) не поддерживают транзакции - вам нужно использовать InnoDB с MySql.