То, как вы справитесь с этим, зависит от типа вашего приложения для Windows.
Если вы хотите, чтобы программа запускалась при загрузке и остановилась при выключении, тогда продолжайте написание службы Windows, что выполнимо, но не так просто, как написание обычного приложения в пользовательском режиме. Отладка службы лежит где-то между обычным приложением и драйвером устройства, больше похоже на приложение, но вы должны использовать ловушки шаблонов Microsoft, чтобы получить контроль над отладкой.
Если вам просто нужна бесшумная консоль, а это приложение Windows (главное окно и все такое), вы можете создать окно, чтобы оно не отображалось изначально.
Если это консольное приложение, вы должны иметь возможность перенаправить вывод консоли. Существуют подпрограммы библиотеки Win32 для управления консолью, включая закрытие окна, поэтому приложение может запускаться «без вывода сообщений». Вот ссылка на эти функции.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms682073%28v=vs.85%29.aspx