Я не думаю, что это хорошее применение MATLAB.
Я думаю, вам лучше было бы написать это на языке Python или в оболочке.Вот один из способов сделать это с помощью tr в оболочке, если вы используете * nix или mac и все ваши файлы находятся в одном каталоге и имеют расширение .txt:
#!/bin/sh
for i in `ls *.txt`
do
cat $i | tr -d "[:alpha:]" > $i.tr.txt
done
Комузапустить.сохраните приведенный выше код как файл, сделайте его исполняемым (chmod a + x filename) и запустите его в каталоге с вашими текстовыми файлами.