Предполагая, что рабочая копия (будучи слитой) не имеет локальных изменений до слияния, вы не можете просто вернуть эти файлы конфигурации после завершения реинтеграции, но перед фиксацией?
Другой вариант, еслиизменения в конфигурационном файле (файлах) фиксируются отдельно от других ваших изменений, тогда вы можете исключить эти ревизии из слияния.Таким образом, вместо опции реинтеграции филиала в TortoiseSVN, вы можете объединить диапазон ревизий .Впрочем, больше работы для тебя.