Кажется, это проблема CDT. Вы обновили свою версию Eclipse в последнее время? На форуме Eclipse продолжается обсуждение этой темы:
http://www.eclipse.org/forums/index.php/t/216821/
Может быть, это вдохновит вас на решение этой проблемы.
РЕДАКТИРОВАТЬ: В качестве временного решения вы можете отключить определенные функции анализа кода и маркеры. Для этого перейдите в Window-> Preferences -> "C / C ++" -> "Code Analysis" и отключите некоторые или все проблемы. Я отключил все, так как он по-прежнему будет выделять ошибки, обнаруженные во время компиляции, и я не буду смущен ложно заявленными проблемами.