Оба ведут себя одинаково, и я настоятельно предпочитаю второй.
Обычно люди предпочитают иметь 1 файл .cs на класс / интерфейс или, по крайней мере, для групп похожих (например, для всех реализаций Tuple), что означает, что в любом случае в файле .cs обычно есть 1 пространство имен.
Вложенные пространства имен добавляют уровни отступа. Обычно у вас уже есть 3 уровня (пространство имен, класс, метод) для каждого фрагмента кода, который вы пишете, так зачем добавлять еще больше ненужных отступов?