Можно задать для параметра строки запроса page
разные значения в обеих сетках:
@Html.Pager(Model.Collection1).QueryParam("page1")
@Html.Pager(Model.Collection2).QueryParam("page2")
или создайте строку запроса самостоятельно:
@Html.Pager(Model.Collection1).Link(page => Html.ActionLink(page, "SomeAction", new { page1 = page, page2 = Request["page2"] }))
@Html.Pager(Model.Collection2).Link(page => Html.ActionLink(page, "SomeAction", new { page1 = Request["page1"], page2 = page }))