aapt - программа, обрабатывающая файлы в каталоге res /.Там нет никакого способа сказать это, чтобы игнорировать определенные файлы.Итак, короткий ответ: вы не можете.Ваш VCS плохо подходит для проектов Android.Вы слышали о git?
Тем не менее, ваша система сборки может быть расширена, чтобы убрать эти ненужные файлы с пути, запустить aapt, а затем переместить их обратно.Поскольку вы используете Eclipse, выполнение этого означает взлом его плагина Android, чтобы добавить эти дополнительные шаги.Или, возможно, написать свой собственный плагин, который выполняет эти шаги вокруг вызова плагина Android - я никогда не взламывал сам Eclipse и не хотел бы.Чтобы сделать любую другую систему сборки (например, используя maven, или ant, или make, или сценарии), это так же просто, как понять, как эта система что-то делает.Eclipse просто намного более вовлечен .В качестве последнего варианта вы можете написать свои собственные сценарии в каталоге проекта, которые перемещают эти файлы .pj, и запускать эти сценарии самостоятельно в подходящее время, не получая никакой помощи от Eclipse.