Rpy2 не может найти функцию - PullRequest
Новая
       15

Rpy2 не может найти функцию

0 голосов
/ 28 ноября 2011

Я искал ошибку Не удалось найти функцию "someFunction" Кажется, это распространенная ошибка, однако я не нашел ни одной, относящейся к Rpy2.Я хочу сделать тепловую карту из матрицы, которую я сделал в python. 

def HeatMap(HeatData):
    RHeatMap = robjects.FloatVector([HeatData[i] for i in range(len(HeatData[:,1]))])
    HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
    robjects.r('HeatMap = %s' %HeatMap.r_repr())
    robjects.r('jsr.colors=colorRampPalette(c("green","black","red"),interpolate="linear")')
    robjects.r('heatmap(HeatMap, Rowv = NA, Colv = NA, col = topo.colors(100))')

Ошибка вызвана обеими последними двумя строками, однако в RI нет проблем с любой из этих функций.

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 28 ноября 2011

У меня нет проблем с вашим кодом под Python2.7 и rpy2 2.1.9.

Что произойдет, если вы вызываете функции R напрямую, а не через строки? 

HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
robjects.r['heatmap'](HeatMap, Rowv = robjects.NA_Integer, Colv = robjects.NA_Integer, col = robjects.r['topo.colors'](100))
...