Вы вызываете защищенную сборку в коде, который хочет ее использовать? (т.е. ссылаться на защищенную .dll?)
Я также использую .NET Reactor, но в «режиме приложения» и защищаю .exe дополнительными сборками, и он работает нормально. Однако я выбираю свою основную сборку и указываю дополнительные сателлиты .dll, которые будут использоваться, и они объединяются и защищаются за один раз.
Я не верю, что вы сможете добавить ссылку на защищенную .dll, в этом и заключается идея, так как она должна обдумать это. Я прочитаю больше в режиме библиотеки и вернусь к вам.