То, что я могу придумать, может быть не по теме, поскольку оно не так сильно связано с программированием и может быть трудным.
Во время установки приложения вам следует создать конкретного пользователя в Windowsтолько для вашего приложения.
Чем вы можете начать свое приложение.как этот пользователь с помощью приложения.Файл манифеста.
После этого вы можете дать этому конкретному пользователю разрешение на запись только в корневую папку, так ОС будет контролировать это.
PS: Я не думаю, что это решениезаплатит сам, но это может сработать.
Салют