Не могли бы вы разделить вывод и ввод, или это не имеет смысла для вашего варианта использования?
Если бы вы могли, то вы могли бы просто использовать TextArea для отображения вывода консольного приложения, просто продолжая добавлять ктекст TextArea.Затем используйте TextField для однострочного ввода под TextArea или что-то еще, что имеет смысл для ввода параметров, которые необходимо отправить в консольное приложение.
Затем вы можете использовать кнопку (или перехватить клавишу [RETURN] вверхв TextField), чтобы захватить ввод и передать в консольное приложение.