Имя пакета MySQL Workbench в Debian поставляется с приложенной редакцией WB, поэтому оно должно быть mysql-workbench-gpl
для версии GPL и mysql-workbench-se
для версии SE.Вы можете найти тот, который вы установили с:
apt-cache search mysql-workbench
Как только вы получите правильное имя пакета, вы можете удалить его обычным способом:
sudo apt-get remove mysql-workbench-gpl
Надеюсь, это поможет.