JTS - это библиотека Java для работы с пространственными данными после загрузки их в объекты JTS. Я бы сказал, что вы должны просто выполнить вызовы SQL в MySQL, а затем вернуть JSON или XML для геометрии, с которой вам нужно работать.
Я не так хорошо знаком с MySQL, но в PostGIS / Postgresql есть драйвер JDBC, который поддерживает пространственные типы и запросы.
В любом случае - если вы уже храните свои данные как пространственные данные, я бы порекомендовал использовать SQL Engine для выполнения ваших пространственных операций, а не JTS.