Попробуйте это в локальном xml
<default>
....
</default>
<cms_index_index>
<reference name="footer">
<remove name="cms_footer_links" />
</reference name>
</cms_index_index>
И в
<block type="cms/block" name="cms_footer_links">
Вы должны изменить имя на что-то вроде "cms_footer_another_links".
Что ж, надеюсь, я получилВаш вопрос прав.
ОБНОВЛЕНИЕ 1
Раздел по умолчанию загружается везде.Так что, если я правильно понял, вам нужен только один экземпляр блока.
Попробуйте следующее (local.xml):
<default>
<reference name="footer">
<action method="unsetChild"><name>cms_footer_links</name></action>
<block type="page/html_wrapper" name="footer.links.wrapper" translate="label" before="-">
<label>Footer Links Wrapper</label>
<action method="setElementClass"><value>bottomLinks</value></action>
<block type="cms/block" name="cms_footer_links"/>
</block>
</default>
ИЛИ
<default>
<reference name="footer">
<remove name="cms_footer_links" />
<block type="page/html_wrapper" name="footer.links.wrapper" translate="label" before="-">
<label>Footer Links Wrapper</label>
<action method="setElementClass"><value>bottomLinks</value></action>
<block type="cms/block" name="cms_another_footer_links">
<action method="setBlockId"><block_id>footer_links</block_id></action>
</block>
</block>
</reference>
</default>