output.write('{:>10}'.format(line[39:49]))
Это все еще дает мне вывод влево. Что я делаю не так?
Я случайно угадаю, в чем может быть ваша проблема.
output.write('{:>10}'.format(line[39:49].strip())) # ^^^^^^^^
дает желаемый результат?