Нет, InnoDB не является "плохим" для чтения данных; на самом деле, я склонен использовать его в качестве движка по умолчанию для всех моих таблиц. Транзакции и истинные реляционные функции перевешивают любые незначительные преимущества в производительности чтения, которые вы можете получить от MyISAM (на мой взгляд).
Отредактировано для добавления: MyISAM на быстрее, чем InnoDB, потому что это проще. Но если вы не занимаетесь чем-то действительно громоздким или не используете древнюю машину в качестве сервера базы данных, вы вряд ли увидите разницу в повседневной работе.
Другие знакомые мне механизмы хранения - это Memory для действительно быстрого, непостоянного хранения данных и CSV, которые я буду использовать в процессе экспорта данных.
На этой странице содержится полный обзор систем хранения MySQL.