Быстрый эксперимент показал мне, что подразумевает Shog9. Запустите Firefox. Затем запустите другой «экземпляр» Firefox. Затем посмотрите в диспетчере задач, и вы увидите, что у вас запущен только один процесс firefox.exe.
Полагаю, он имеет в виду, что вы никогда не видели два экземпляра Firefox. Вы видели только один и тот же экземпляр с двумя окнами. Естественно, те же файлы cookie.
Я предполагаю, что это подразумевает, что для того, чтобы на самом деле иметь отдельные экземпляры, им придется работать под отдельными логинами или, возможно, профилями пользователей, и у них будет отдельный набор файлов cookie.
РЕДАКТИРОВАТЬ: некоторые ресурсы в профилях в FireFox: