Вы можете включить файл javascript в элемент управления сервера.
Добавить ссылку на сборкуinfo.cs
[assembly: WebResource("Custom.js", "text/javascript")]
Тогда ссылка на PreRender:
protected override void OnPreRender(EventArgs e)
{
base.OnPreRender(e);
string resourceName = "Custom.js";
ClientScriptManager cs = this.Page.ClientScript;
cs.RegisterClientScriptResource(typeof(CustomControls.Custom), resourceName);
}
Вот хорошая статья на эту тему