Ну, нет необходимости делать .exe из вашего проекта. Однако для удобства вы можете использовать для запуска JVM так называемый «пусковой механизм».
Два примера:
Большинство программ на Java могут быть разработаны без необходимости установки. См. Например, Tomcat, Glassfish, Eclipse. Если вам нужен конкретный процесс установки, возможно, вам стоит подумать о написании скрипта Ant (это xml-файл, который можно запустить с помощью инструмента, очень легко написать обработку, обработанную в нем.)
Настройка базы данных может быть единственным сложным шагом, но может быть достаточно простого файла конфигурации, содержащего URL JDBC и данные для входа.