Используйте Java Web Start для установки приложения. JWS предлагает автообновление, заставки и множество других приятных функций.
Пользователь получает ярлыки на рабочем столе и пункты меню, если они запрашиваются в файле запуска и поддерживаются в ОС пользователя. Эти ярлыки могут иметь значки, предоставленные разработчиком.
Что за «баночка», что за «exe»? Зачем показывать пользователя при установке полнофункционального клиента Java? Для использования JWS потребуются файлы Jar, но пользователь их никогда не увидит.