Вы можете сделать это легко. Используйте Splicer , это бесплатно и с открытым исходным кодом в C #
Упрощение разработки приложений для редактирования и кодирования аудио и видео с использованием DirectShow
Пример:
using Splicer;
using Splicer.Timeline;
using Splicer.Renderer;
string firstVideoFilePath = @"C:\first.avi";
string secondVideoFilePath = @"C:\second.avi";
string outputVideoPath = @"C:\output.avi";
using (ITimeline timeline = new DefaultTimeline())
{
IGroup group = timeline.AddVideoGroup(32, 720, 576);
var firstVideoClip = group.AddTrack().AddVideo(firstVideoFilePath);
var secondVideoClip = group.AddTrack().AddVideo(secondVideoFilePath, firstVideoClip.Duration);
using (AviFileRenderer renderer = new AviFileRenderer(timeline, outputVideoPath))
{
renderer.Render();
}
}