Я не уверен, что понимаю вопрос, но у вас обычно есть правило в силу того факта, что вы выполняете определенную часть make-файла, такую как:
clean:
cd dir1 && $(MAKE) clean
cd dir2 && $(MAKE) clean
all:
cd dir1 && $(MAKE) all
cd dir2 && $(MAKE) all
Если в вашем make-файле есть другие настройки, лучше всего опубликовать их, чтобы мы могли лучше проанализировать.