Есть ли причина, по которой вы хотите иметь много баз данных вместо одной? Делать так, как вы упомянули, - кошмар для управления и обслуживания.
Вы должны быть в состоянии сделать все в одной базе данных.
Это также значительно упрощает перенос и обновление, а также устраняет проблему с доступом к учетным записям пользователей, поскольку все они находятся в одной таблице.
Да, CakePHP справится с тем, что я упомянул выше, без проблем.