@jm2.me: Единственная ссылка MapPoint, которая вам нужна при закрытии, - это ссылка на MapPoint.Application.Любые другие могут быть переосмыслены.Также посмотрите на свойство Saved на карте и свойство UserControl.Это может помешать закрытию.
кстати, Кен Уайт в корне верен - упомянутые выше свойства - это просто вещи, которые могут вызывать проблемы в определенных крайних случаях - и вы подразумеваете, что это может относиться к вам.