При @ ValentiGoClimb , упомянутом в комментарии , Xcode имеет плохие значения по умолчанию при создании файла Info.plist;он только устанавливает клавиши раскадровки для iPad и iPhone, а не для iPod Touch.
<key>UIMainStoryboardFile~ipad</key>
<string>iPadStoryboardFileName</string>
<key>UIMainStoryboardFile~iphone</key>
<string>iPhoneStoryboardFileName</string>
Я не нашел хорошего способа отредактировать это на экране общих настроек проекта в XCode (именно поэтому эта проблема наиболеескорее всего, существует), поэтому добавление ключа вручную в файл Info.plist работает хорошо.
<key>UIMainStoryboardFile</key>
<string>iPhoneStoryboardFileName</string>