Я уже работал с AD в C #, но мне никогда не приходилось менять настройки AD. Мне пришлось изменить некоторую информацию о пользователе, но никогда не было никаких реальных настроек; однако я считаю, что это вполне возможно.
Этот сайт покажет вам, как сделать почти все с помощью AD в c #. Надеюсь, это поможет.
http://www.codeproject.com/KB/system/everythingInAD.aspx
EDIT
Однако следует помнить одну важную вещь при изменении AD с помощью C #: безопасность по-прежнему сохраняется. Вам нужно будет подключиться к AD, используя действительное имя пользователя / пароль, у которого есть права на изменения.