Оказывается, что после создания этих отношений между моделями мне не нужно выполнять цикл f.has_many
в ресурсе activeadmin. Вместо этого мне просто нужно было следующее:
f.input :categories, :as => :check_boxes
Это автоматически возьмет категории и проверит категории по умолчанию (а также обработает все внесенные в него изменения).