Абсолютно первое, что вы должны сделать, это сделать так, чтобы ваш промежуточный сервер точно отражал ваш рабочий сервер. Например, если рабочий сервер НЕ находится в вашем основном домене, то и промежуточного сервера там быть не должно.
Если у вас проблемы с IE, значит, зоны безопасности разные. Это может быть вызвано «мелочами», такими как проблема домена.
Все, начиная от аппаратного обеспечения и заканчивая уровнями пакетов обновлений, до установленного программного обеспечения, должно быть абсолютно идентичным. Если они не такие вещи, всплывающее окно.
Как только вы сможете повторить проблему при постановке, и только тогда исправьте ее. Отладка производства - плохая идея.