Нет. Заголовок EXE помечен архитектурой процессора, поддерживаемой кодом, содержащимся в EXE. Используйте DUMPBIN.EXE -HEADERS для изучения.
EXE сообщает о типе машины как:
x86: 0x14C
x64: 0x8664
ARM: 0x1C4
Если вы хотите развернуть свое приложение, создайте версию для x86, версию для x64 (ARM будет поставляться позже с Win8) и создайте пакет установки (MSI), который может динамически исследовать архитектуру машины, на которой вы работаете установить приложение и сложить одно или оба приложения. Вот как, например, Adobe теперь распространяет Flash x86 и Flash x64 в последней версии Flash Player.
Если вы хотите создать действительно универсальный двоичный файл, создайте его в .NET и пометьте как целевой "Любой" ЦП. После этого ваше приложение будет привязано к архитектуре вашего компьютера (или к процессу размещения в случае надстройки).