Спасибо за все комментарии и ответы!Я считаю, что решил проблемы, по крайней мере, те, которые выяснили до сих пор.Ниже я приведу свои выводы и окончательную ситуацию (на случай, если кто-то еще сочтет это полезным).
У меня есть тестовый класс декоратора, унаследованный от TTestSetup, который содержит ссылку на фиктивную (основную) формукоторый он создает при необходимости.
Я также нашел способ переключения Application.MainForm во время выполнения, используя такой подход: http://www.swissdelphicenter.ch/torry/showcode.php?id=665
В методе SetUp тестового декоратора я сначала создаю фиктивныйформы, а затем установите его в качестве основной формы приложения (здесь этот параметр может не потребоваться).
Затем у меня есть класс тестового случая (унаследованный от TGUITestCase), чьи SetUp и TearDown запускаются для каждого теста,В этом SetUp я создаю основную форму, которую я тестирую, а затем устанавливаю ее в качестве основной формы приложения.Затем, после теста в TearDown тестового примера, я снова установил фиктивную форму в качестве основной формы Приложения, и только после этого вызова Close и Free обращаюсь к основной форме, которую я тестирую.В противном случае освобождение формы, которая в данный момент является Application.MainForm, приведет к завершению всего приложения DUnit.