Это не совсем так, как работает MPI. Инструменты профилирования MPI используют интерфейс профилирования, встроенный в стандарт, и поэтому должны работать со всеми реализациями MPI. Eclipse (например) имеет некоторую поддержку MPI в своей Parallel Tools Platform, и это должно работать со всеми MPI.