В настоящее время не проверено, но я считаю, что должно работать следующее:
var valuesArray = $('input:checkbox:checked').map( function () {
return $(this).val();
}).get().join();
Отредактировано после небольшого перерыва для использования собственного DOM, а не $(this).val()
(что слишком дорого в контексте):
var valuesArray = $('input:checkbox:checked').map( function() {
return this.value;
}).get().join(",");