Визуализация структуры белка

Question

Меня попросили поработать над визуализацией структуры белка, что-то вроде RasMol, где пользователь будет открывать файл pdb, чтобы получить структуру белка.

Как я могу сгенерировать структуру белка из файла pdb?

Я хотел бы написать код на Python и визуализировать структуру, должен ли я использовать OpenGL или VTK?Есть ли другие модули, которые могут мне помочь в этом отношении?

Answer 1

Вы должны попробовать pymol с интерфейсом Python.

Здесь у вас есть учебник для начинающих, как создавать сценарии pymol для взаимодействия с представлениями

Будучи студентом, вы можете получить пимол бесплатно с сайта пимолов.Кроме того, Gohlke предоставляет установщики для 32- и 64-разрядных окон и Python 2.6-2.7.

Answer 2

Химера http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ - другой зритель.Я думаю, что его лицензия более гибкая, чем у pymol.

Вы пишете свое?Я думаю, что большинство из этих ответов указывают вам на реализованных зрителей.Удачи, я думаю, это займет много работы.

Answer 3

Я думаю, что Пимол больше не бесплатен, так как его нужно покупать у Шредингера.Пара бесплатных программ: - JMol (плохо! Не используйте это, кроме случаев, когда у вас нет другого выбора) - PyMol (если вы академический) - Yasara - Discovery studio (Accelrys) - RasMol (больше не поддерживается) - VMD (лучшая программа для визуализации траекторий).Очень мощный, но я никогда не использовал его.

Я не знаю, сможете ли вы создавать скрипты во всех них.

Я много работаю с PyMol и сделал несколько плагинов.ограничение в том, что вы можете использовать его как средство просмотра, но не болееНапример, вы не можете получить информацию, нажав на атом.

удачи