Как развернуть только атомы белка с помощью Bio.PDB.Selection? - PullRequest
Новая
       29

Как развернуть только атомы белка с помощью Bio.PDB.Selection?

0 голосов
/ 15 ноября 2018 
from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB import Selection
structure = PDBParser().get_structure('4GBX', '4GBX.pdb') # load your molecule
atom_list = Selection.unfold_entities(structure[0]['E'], 'A') # 'A' is for Atoms in the chain 'E'

Когда я раскрываю цепь E в PDB 4GBX, используя приведенный выше код, последние 2 атома кислорода в atom_list принадлежат водным гетероатомам в той же цепи. Как я могу получить список только атомов белкового остатка и избежать других лигандов или молекул воды при выборе?

...