SWIG, Boost.Python, SIP, Shiboken, PyBindgen, ...
SWIG и Boost.Python наиболее популярны, то есть имеют самую большую пользовательскую базу и самые активные команды разработчиков. Какой из этих двух использовать в значительной степени зависит от вкуса. Так что, если вы не хотите использовать Boost.Python, тогда SWIG - очевидный выбор.