Убедитесь, что каталоги настроены правильно на домене приложения, используйте AppDomainSetup, если они не ..
Я не уверен на 100%, но я не думаю, что domain.Load выбирает путь, я думаю, что ему нужно имя сборки ..
Edit:
Посмотрите на эту страницу
посмотрите на замечания:
Этот метод следует использовать только для загрузки сборки в текущий домен приложения . Этот метод предоставляется для удобства тех, кто взаимодействует, которые не могут вызвать статический метод Assembly.Load. Чтобы загрузить сборки в другие домены приложений, используйте метод, например CreateInstanceAndUnwrap.
Информацию, общую для всех перегрузок этого метода, см. В разделе Перегрузка метода Load (AssemblyName).