Используете ли вы контроль исходного кода сейчас? Все ваши проблемы «контроля» решаются любой приличной системой контроля версий (т.е. не VSS).
Я бы поместил их в один проект, предполагая, что у них есть общий код и типы. Например, если они используют один и тот же уровень доступа к данным и базовую базу данных.
Я бы никогда не использовал веб-сайт "проекты" для веб-сервисов. Любое из их преимуществ - это преимущества веб-сайтов, состоящих из веб-страниц, а не более сложных требований к веб-службам.