Не понятно, вы;
a) Хотите поместить один объект в другое приложение и отредактировать его. В этом случае попробуйте сохранить его как объект SVG, который затем можно будет редактировать в подходящем приложении, например Inkscape (см. Создание редактируемых графиков из R )
б) Хотите создать серию объектов и затем поместить их в другое приложение по отдельности, в этом случае я бы выбрал i. используйте в Sweave, который может создать документ PDF, но также создаст отдельный файл PDF / EPS для каждого объекта или ii. Посмотрите на odfweave, который работает как sweave, но может создать OpenDocument .odt, который можно открыть в LibreOffice.