py2exe не может этого сделать. Вы можете обернуть py2exe (есть пример в вики , показывающий, как это сделать с NSIS); Вы можете создать свою собственную обертку, если использовать NSIS или InnoSetup было невозможно.
В качестве альтернативы, если вы уверены, что у ваших пользователей будет установлена совместимая копия msvcr71.dll (пользователи IIRC Vista или XP SP2), вы можете обойтись без ее включения. Возможно, более полезно, если вы используете Python 2.3 (или более раннюю версию), тогда Python связывается с msvcr.dll, а не с msvcr71.dll, и любой пользователь Windows установит его, так что вы можете не беспокоиться об этом.