Единственная реальная проблема, с которой я столкнулся, это то, что все серверы Amazon EC2 находятся за NAT.
Что касается веб-приложений, то использование NAT на самом деле не является проблемой, и на самом деле возможность динамически назначать публичные эластичные IP-адреса является преимуществом. В моем случае мое приложение основано на SIP, которому нужно разместить публичный IP-адрес в заголовке SIP, а NAT раздражает.
У меня есть приложение silverlight, размещенное на экземпляре IIS на сервере Amazon EC2, и оно работает нормально, никаких проблем. Я использую файл междоменной политики и собственный механизм аутентификации, и в обоих случаях он такой же, как обычный сервер Windows.
Я не использовал SimpleDB, поэтому не могу комментировать его, но если вы хотите разместить медиатеку, я подозреваю, что вам нужна Elastic Block Service (EBS). Иногда у меня возникало несколько трудностей с тем, чтобы мой сервер Windows распознавал диск EBS, и мне приходилось использовать Диспетчер дисков Windows для распознавания диска, но как только это сделано, он работает отлично и аналогичен любому обычному диску Windows, за исключением того, что вы можете масштабировать это до тера или пера байтов.