Пусть ваше расширение хранит переменную счетчика в $ TSFE.
Такие переменные будут существовать от экземпляра плагина к экземпляру плагина и могут использоваться для подсчета экземпляров, которые находятся на той же странице.
В зависимости от этого счетчика вы можете изменить выход вашего внутреннего номера.
Пример
В вашей функции main сделайте что-то вроде этого:
// init counter var in the very first plugin instance
if(!isset($GLOBALS['TSFE']->tmpl->setup['plugin.']['tx_'.$this->extKey.'_pi1.']['myCounter'])){
$GLOBALS['TSFE']->tmpl->setup['plugin.']['tx_'.$this->extKey.'_pi1.']['myCounter'] = 0;
}
// increment counter var in each plugin instance
// and execute code depending on the count
switch(++$GLOBALS['TSFE']->tmpl->setup['plugin.']['tx_'.$this->extKey.'_pi1.']['myCounter']){
case 1:
...
break;
case 2:
...
break;
case 3:
...
break;
}