Вам не нужно импортировать файл .apk обратно в Eclipse, но вы можете подписать его из командной строки. Фактически, Eclipse вызывает эту же процедуру за кулисами, когда подписывает ваш двоичный файл.
В приведенных ниже примерах замените AppName именем вашего приложения. Первый шаг (для создания файла хранилища ключей) вы будете делать только один раз при настройке проекта, а остальные 2 шага - каждый раз, когда вам нужно подписать приложение. Я надеюсь, что это отвечает на ваш вопрос.
:: Generate a keystore file
cd "c:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_21\bin"
keytool.exe -genkey -v -keystore AppName.keystore -alias AppName -keyalg RSA -keysize 2048 -validity 10000
:: Sign the .apk file
cd "c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_29\bin"
jarsigner.exe" -keystore AppName.keystore AppName.apk AppName
:: Zip align the .apk file and copy it to the install folder
cd "c:\Program Files (x86)\android\android-sdk\tools"
zipalign.exe" -f -v 4 AppName.apk install\AppName.apk